Yayasan Alfa Omega (YAO) adalah buah karya dari Gereja Masehi Injili di Timor (GMIT). Gereja Masehi Injili di Timor merupakan bagian dari "Indische Kerk" (Gereja Hindia Belanda) dan menjadi Gereja yang mandiri, mulai membangun kemitraan dengan Gereja Reformasi di Belanda, Gereja Metodis dan Presbiterian di Australia, dan Gereja Mennonite di Amerika Serikat.

     

      Dari kemitraan dengan Gereja Mennonite di Amerika Serikat, Pusat Pelatihan Oenitu (OTC) dan Pusat Pelatihan Tarus (TTC) didirikan pada tahun 1957 dan 1959. Keduanya pada dasarnya adalah lembaga yang sama yang mengubah namanya saat pindah ke lokasi yang berbeda. Ini adalah pusat pelatihan yang berfokus pada penyediaan keterampilan teknis dan praktis di bidang Pertanian, Air Bersih dan Perikanan, Peternakan, Pandai Besi, dan Tukang Kayu. Peserta pelatihan berasal dari seluruh provinsi. TTC terus beroperasi hingga tahun 1969 ketika misionaris Mennonite ditarik kembali ke USE, pada saat itu Sinode GMIT mengambil alih pengelolaan lembaga tersebut, namun mengganti namanya menjadi "Pusat Latihan Kader Kemakmuran" (PLKK)/ Center for Prosperity Cadre Training (PLKK) dan menunjuk Pendeta Isakh Nikolas Frans sebagai kepala pusat tersebut.

​

      Berdasarkan Pedoman Layanan Umum Pertama¹ dan Pedoman Kebijakan Layanan Umum Pertama², pada tahun 1980-an Sinode GMIT membentuk Komisi Deakonia³ untuk layanan pengembangan masyarakatnya dengan dukungan dari World Vision Indonesia (WVI), yang pada saat itu membutuhkan mitra lokal untuk pelaksanaan program-programnya di Provinsi Nusa Tenggara Timur, serta Biro Pengembangan Gereja Persekutuan Gereja-Gereja Indonesia⁴ yang juga sangat tertarik untuk mengadakan pelatihan bagi Motivator Pengembangan Desa.

 

     Pada Agustus 1983, Komisi Deaconia dan sejumlah orang dari Sinode GMIT membahas dan menyempurnakan rencana untuk mengubah dan meningkatkan Pusat Kader Kesejahteraan menjadi sebuah LSM. Pada 1 Maret 1985, yayasan tersebut didirikan dengan nama "Yayasan Pelayanan dan Pengembangan Masyarakat Alfa Omega" (YAO). Pada 15 Juni 1985, Anggaran Dasar YAO untuk pertama kalinya diterbitkan di kantor Notaris Publik Sivester Joseph Tjung, dan pada 13 Agustus 1985, yayasan tersebut berhasil terdaftar di Kantor Panitera Pengadilan Distrik Kupang. Pdt. Isakh Nikolas Frans, yang pada saat itu menjabat sebagai Kepala Pusat Pelatihan Kader Kesejahteraan, ditunjuk sebagai direktur pertama YAO.

Selama perjalanan pelayanannya, YAO telah mulai mewujudkan dirinya kepada masyarakat melalui beberapa tahap pelayanan.